Les déjections d’oiseaux comportent un risque de résistance aux antibiotiques

Le caca d’oiseau peut poser plus de risques pour la santé que les gens ne le pensent, selon les ingénieurs environnementaux de l’Université Rice qui étudient la résistance aux antibiotiques.

Leur étude a révélé des niveaux élevés de gènes qui codent pour la résistance aux antibiotiques hébergés par des agents pathogènes opportunistes dans les excréments de canards, corbeaux et goélands communs.

L’étude menée par Pingfeng Yu, associé de recherche postdoctorale à la Brown School of Engineering de Rice, paraît dans le journal Elsevier Pollution environnementale. Yu est membre du laboratoire de l’ingénieur civil et environnemental et co-auteur Pedro Alvarez.

Des études antérieures ont déterminé que les gènes résistants aux antibiotiques (ARG) et les bactéries (ARB) transportés par les oiseaux peuvent être transférés à l’homme par la natation, le contact avec les matières fécales ou le sol touché ou l’inhalation de particules fécales en aérosol. Des études ont également analysé les excréments d’oiseaux trouvés près des points chauds ARG comme les usines de traitement des eaux usées et le drainage des fermes avicoles.

Mais l’étude Rice approfondit pour quantifier l’abondance, la diversité et la persistance saisonnière des ARG.

« Nous ne comprenons toujours pas complètement quels facteurs exercent une pression sélective pour l’apparition d’ARG dans le système gastro-intestinal des oiseaux sauvages urbains », a déclaré Alvarez. « Les antibiotiques résiduels qui sont accidentellement assimilés pendant la recherche de nourriture sont probablement l’un de ces facteurs, mais des recherches supplémentaires sont nécessaires pour discerner l’importance d’autres facteurs étiologiques potentiels, tels que l’alimentation des oiseaux, l’âge, la structure du microbiome intestinal et d’autres facteurs de stress. »

L’équipe qui comprenait les auteurs principaux Huiru Zhao, un étudiant à l’Université de Nankai en Chine, et l’étudiant diplômé de Rice Ruonan Sun a comparé des échantillons « fraîchement déposés » de chaque espèce trouvée autour de Houston pendant les mois d’hiver et d’été à des échantillons de volaille et de bétail connus pour transporter certaines des mêmes mutations.

Ils ont découvert que les ARG de toutes les espèces, quelle que soit la saison, codaient pour une résistance significative aux antibiotiques tétracycline, bêta-lactame et sulfonamide. Les chercheurs ont été surpris de voir que l’abondance relativement élevée d’ARG était comparable à celle trouvée dans les excréments frais de volailles nourries occasionnellement avec des antibiotiques.

Ils ont également découvert que l’intl1, un intégron qui facilite l’acquisition bactérienne rapide de la résistance aux antibiotiques, était cinq fois plus abondant chez les oiseaux que chez les animaux de ferme.

« Nos résultats indiquent que les oiseaux sauvages urbains sont un réservoir négligé mais potentiellement important de gènes de résistance aux antimicrobiens, bien que leur importance en tant que vecteurs de transmission directe d’infections résistantes soit possible mais improbable en raison de la faible fréquence des contacts humains », a déclaré Alvarez.

L’équipe a également recherché des ARG dans le sol jusqu’à 1 pouce de profondeur autour des dépôts d’oiseaux et a découvert qu’ils sont « modérément persistants » dans l’environnement, avec des demi-vies allant jusqu’à 11,1 jours.

Des trois espèces, les corbeaux ont montré un niveau d’ARG significativement plus faible au cours de l’été par rapport aux canards et aux goélands, ont-ils rapporté.

« Cela est probablement dû à des différences dans leurs niches écologiques, leurs modes de recherche de nourriture et leur microbiome intestinal », a déclaré Sun. « Les corbeaux sont omnivores et se nourrissent de nourriture naturelle abondante avec moins de contaminations anthropiques en été. En outre, la composition de leur microbiome intestinal a un impact sur la dissémination et l’enrichissement ARG in vivo, et influence donc les niveaux d’ARG dans les excréments d’oiseaux excrétés. »

Les chercheurs ont découvert que des agents pathogènes opportunistes, y compris des bactéries qui causent des infections des voies urinaires, une septicémie et des infections respiratoires, étaient courants dans les fèces de tous les oiseaux, et un autre associé à une intoxication alimentaire a été détecté dans des échantillons prélevés pendant l’hiver.

Les excréments d’hiver, écrivaient-ils, contenaient davantage de mauvaises bactéries qui peuvent également héberger des ARG, peut-être en raison d’une plus faible inactivation de la lumière solaire et de différences de niveaux d’humidité et de température.

« Notre étude sensibilise à éviter le contact direct avec les excréments d’oiseaux dans les zones publiques urbaines, en particulier pour les populations vulnérables ou sensibles », a déclaré Yu. « Pendant ce temps, un nettoyage régulier devrait également aider à atténuer les risques sanitaires associés. »